O grupo finalmente chega na Cidade de Nimbasa, após uma viagem longa e cansativa. Todo mundo concorda em ir ao Centro Pokémon, mas Ash quer ter uma batalha de Ginásio, até que seu estômago começa a roncar. Cilan, muito animado, pede a turma para liderar o caminho. Eles vão para uma estação de metrô onde Cilan afirma que ele é um perito de metrô. Quando eles vão para a estação, Cilan olha para um dos modelos de vagão em exposição e começa uma explicação muito longa do carro. Cilan, percebe, começa com o vagão em que começa a balançar. De repente, os freios de emergência para o trem e um trem fantasma passa pelo trem. De repente, os Mestres do Metrô, Nobori e Kudari aparecem no trem e reencontra Ash e seu grupo. Elas retomam o passeio da Cidade de Nimbasa. Cilan começa a ficar irritado com o povo conduzindo o trem fantasma e mais uma vez, Meowth arrasta Cilan. O grupo vai para o Centro Pokémon, onde Meowth, Pikachu, e Axew, bem como outros Pokémons de Ash. Meowth lembra que precisa fazer alguma coisa. Ele entra em uma cabine de telefone para chamar a Equipe Rocket para dar-lhes informações. Meowth retorna e eles vão para as termas de tratamento. Ash decide telefonar para o Pr. Carvalho. De repente, as linhas de comunicação são cortadas por Dr. Seger da Equipe Rocket. Meowth inicia operações em roubar os Pokémons no Centro Pokémon. Enquanto isso, a ponte elevadiça para a Cidade de Hodomoe é levantada e acontece um curto-circuito. Meowth começa a despejar as poke-bolas para baixo na passagem de ar, conectada ao Equipe Rocket e começa a carregá-las em diante. De repente, todos na Cidade de Nimbasa estão confusos e Cilan sugere que alguém está tentando roubar os Pokémons. Enfermeira Joy, Cilan, Íris e Ash vão ao cofre de segurança para descobrir que todas as poke-bolas estão desaparecidas, incluindo Pikachu e Axew, bem como Meowth. Enquanto isso, Meowth reúne com o Equipe Rocket e Dr Seger. que começou invadindo o sistema de trem, fazendo com que todos os trens do metrô para congestionar o lugar e parar de responder. Quando Cilan, Íris e Ash encontram Meowth, eles percebem que Meowth os traiu e nunca foi demitido da Equipe Rocket. A Equipe Rocket abrem caminho para fugir com o trem carregado com os Pokémons. Ash e seus amigos se reagrupam com os Mestres do Metrô e eles seguem para o comboio de transporte de correio. Eles dirigem ao ponto onde a Equipe Rocket tem que passar e apanhar com o seu seguinte. Quando os encurrala, Ash salta sobre o trem e começa a esvaziar e explodir, descarrilando. Eles percebem que era um trem falso, significando que era apenas uma distração. Os Mestres do Metrô decidem recuperar o controle dos sensores, mas notam um trem indo para a junção e perceber que é a Equipe Rocket como eles dirigem para a direita. Eles afirmam que podem marcar sua localização em todos os momentos, mas logo que a Equipe Rocket passa do ponto, os trens aparecem no sistema e começa a se multiplicar.
