Asuka continua em crise, acreditando não poder mais ser piloto do Eva e ainda é assombrada por fantasmas do seu passado. Para o lugar da garota, é chamada a Quinta Criança, o misterioso Kaworu Nagisa, que se dá muito bem com Shinji. Mas a alegria da Terceira Criança dura pouco, pois Kaworu é o décimo sétimo Anjo, cujo objetivo é alcançar Adão, o que pode levar a Terra à destruição. A batalha entre Shinji e Kaworu é inevitável e acontece no Dogma Central, onde está o primeiro Anjo. Enfurecido com a traição de seu amigo e ao mesmo tempo angustiado, Shinji cumpre sua missão e liqüida com o décimo sétimo Anjo. Enquanto a batalha desenrolava, a SEELE apertava o cerco sobre a NERV.
